慶長年間、実蓮社真譽宗印上人によって開山
浄桂院は慶長年間（1596～1615年までの期間）に実蓮社真譽宗印上人[生年不明～慶長15年戌年（1610年）7月26日遷化]によって創建されました。開山上人が亡くなった慶長15年は、江戸に徳川幕府が開いて7年目、2代将軍徳川秀忠公の御代であります。
光明山和合院 天徳寺の塔頭寺院として建立
昔は港区西久保巴町、現今の霞ヶ関（虎ノ門）附近に、港区天徳寺の
関東大震災の影響で、港区西久保巴町より当地へ移転
浄桂院は創建以来、明治年間までに火災に遭うこと2回、1回目は明暦の大火[振袖火事]（1657年）、2回目は更に大正12年9月の関東大震災により寺宇・寺宝・寺書等一切を焼失しました。震災による被害は大きく西久保での復興を断念し、昭和4年5月に当地に移転してきました。隣接する祐天寺との本末関係はなく、祐天寺は増上寺末であり浄桂院は知恩院末であります。
祐天寺 第17世・第18世上人との師弟関係の縁を以て、寺所譲受が行われた
移転の経緯は浄桂院第27世伊藤俊明上人と、祐天寺第17世愍隨上人とが師弟関係（師・愍隨上人）、祐天寺第18世俊興上人とが兄弟弟子（兄弟子・俊明上人）であった為、その縁を以て寺所譲受が行なわれました。
浄桂院の記録によれば、
一、 昭和3年7月、目黒に境内地購入、当寺を建設移転。昭和4年5月本堂完成。
二、 昭和10年5月、境内地を拡張し、庫裡を新築、庭園を整備。
三、 昭和52年7月、全面改築、現在の本堂、庫裡を完成。
と記載されています。
尚、俊明上人は昭和52年6月に新本堂・庫裡の落慶を目前に入寂しています。戒名は「中興接蓮社隨誉上人光阿遍照俊明大和尚」です。
御本尊様について
浄桂院の御本尊様は、阿弥陀如来様です。浄土宗では阿弥陀様をお祀りし、お念仏「南無阿弥陀仏」とお唱えして、寿命が尽きて後に阿弥陀様の浄土「西方極楽浄土」に往生することを目的としております。
浄桂院の阿弥陀様は『江戸浄土宗寺院誌史料集成』（大東出版社316頁）には、「本尊 阿弥陀如来 木立像 身丈ケ三尺程 作相不知」と記載されております。これを読みますと、本尊は阿弥陀如来の木像、お身体の長さは三尺（約90㎝）、作者は不明とあります。
御本尊様を詳しく調べた資料に『郷土目黒』第三十三集（1989年）がありますので、そこを抜粋いたします。
■重文級の阿弥陀如来立像
浄桂院の本尊阿弥陀如来は、度重なる火災から難を遁れた創建以来の唯一の寺宝である。災禍に際して、本尊守護に尽くされた、歴代住職の並々ならぬ努力の結晶というべきである。
本尊は檜材、寄木造り、漆泊仕上げ、丈一ｍ余の見事な金色立像で、来迎印を結び、舟形飛雲光の光背を負っている。
かつて西村公朝先生（前㈶美術院国宝修理所所長、元東京芸大教授）が本像を調査されたことがあるとのことで、改めて浄桂院所蔵の部分写真十数枚を送り鑑定を依頼した。ご返書は左の如きものであった。
「本像は鎌倉中期から末期に向うころのもので、どこか地方の県か市にあれば、重要文化財になるかもしれません。しかし現状の肉身部の塗りつぶしでは指定は無理でしょう。（或は市によってはなるかもしれません。）両手両足は江戸頃か、或は近時の補作です。台座、光背共に近時かもしれません。鎌倉時代の特徴は衣文のひだの形、そのひだの内部に骨格がしっかり見えます。腹部、腰、大腿部の形など感じられるのです。この点を自分の目で確かめて下さい。作者は、運慶、快慶などにみられる慶派の系統でしょう。（後略）」
西村先生が残念がるように、幾度かの罹災と修理の難関をくぐりぬけ、生きつづけた苦難の仏像の歴史がここにみられるのである。
『郷土目黒』第三十三集 111頁